เบนิซิโอ เดล โตโรเกิดที่เมืองซานตุส ประเทศปวยร์โตรีโก เป็นบุตรคนโตของนายกุสตาโว อดอลโฟ เดล โตโร เบอมิวเดซ กับนางฟัสต้า จีโนเวว่า ซันเชซ ริเวร่า บรรพบุรุษเป็นชาวสเปน และอิตาลี บิดาเป็นกุมารแพทย์ สมัยเด็กเดล โทโร่มีชื่อเล่นว่า "Skinny Benny" หรือ "Beno" เป็นคนคริสตัง เมื่ออายุได้ 9 ขวบมารดาของเขาก็เสียชีวิตด้วยโรคตับอักเสบ เมื่ออายุ 13 ปีก็ย้ายถิ่นฐานมาอยู่ที่เมืองเมอร์เซิร์สเบิร์ก รัฐเพนซิลเวเนีย ประเทศสหรัฐอเมริกา และศึกษาที่โรงเรียนเมอร์เซิร์สเบิร์กจนจบมัธยมปลาย

หลังจากจบการศึกษามัธยมปลาย เขาได้ศึกษาต่อมหาวิทยาลัยแห่งแคลิฟอร์เนีย ที่ซานดิเอโก้ ในสาขาบริหารธุกิจตามคำแนะนำของบิดา แต่ต่อมาเขาได้เรียนการแสดงกับสเตลล่า แอดเลอร์กับอาร์เธอร์ เมนโดซ่าที่ลอสแอนเจลิส และโรงเรียนการแสดงที่นิวยอร์ก